增值稅的理論稅負(fù)與企業(yè)實際申報表體現(xiàn)的增值稅實際稅負(fù)之間通常有很大的出入，這主要是增值稅的應(yīng)納稅額及實際稅負(fù)與其期初留抵進項、本期進項到位程度及進項稅額轉(zhuǎn)出，本期銷項多少有關(guān)，增值稅理論稅負(fù)可根據(jù)上述公式計算，是一個固定值，而實際稅負(fù)脫離理論稅負(fù)上下變動通常有如下的原因：

1、當(dāng)企業(yè)期初留抵進項與期初存貨余額所應(yīng)包含的進項稅額不比對時，會對本期增值稅的稅負(fù)產(chǎn)生影響，如期初留抵進項稅額大于期初存貨應(yīng)包含的進項稅額，則會降低本期增值稅實際稅負(fù)率，因為其留抵進項有一部分沒有與之相對應(yīng)的存貨存在，該部分進項稅額不產(chǎn)生相應(yīng)的銷項稅額，必然占用其他存貨銷售的銷項稅額；如期初留抵進項稅額小于期初存貨應(yīng)包含的進項稅額，如期初存貨在本期實現(xiàn)銷售，則會提升本期增值稅實際稅負(fù)率，因為期初存貨中有一部分沒有進項稅額，而又因其實現(xiàn)銷售而產(chǎn)生銷項稅額；

2、上期有較大暫估入庫商品，已在上期銷售，而進項發(fā)票在本期收到并抵扣，則該會計事項會降低本期增值稅實際稅負(fù)率，因為本期該部分進項參與抵扣，但卻由于不存在與之對應(yīng)的存貨存在，從而不產(chǎn)生相應(yīng)的銷項稅額；

3、當(dāng)本期已銷商品，由于未及時取得進項發(fā)票而在會計上做暫估入庫處理，由于該商品已產(chǎn)生銷項稅額，因為進項發(fā)票未到?jīng)]有進項稅額抵扣發(fā)生，故會提升本期增值稅實際稅負(fù)率；

4、當(dāng)本期采購之存貨未完全實現(xiàn)銷售，但其進項已全額抵扣，從帳面上的體現(xiàn)是存貨庫存越來越大，進項與銷項不配比，如進貨60噸，銷貨40噸，其中進貨20噸的進項會抵減銷貨40噸所產(chǎn)生的毛利的銷項，會產(chǎn)生零稅負(fù)或低稅負(fù)，此時也會降低增值稅實際稅負(fù)率，如新辦工商企業(yè)，存貨增加會吃進進項，進而會造成稅負(fù)低下或零稅負(fù)，即是如此。

5、本期銷售數(shù)額大于與銷售數(shù)額對應(yīng)的采購數(shù)額，則會提升本期增值稅實際稅負(fù)率，比如進貨60噸，但銷貨80噸，其中多銷貨之20噸貨物會提升增值稅實際稅負(fù)率。

6、企業(yè)從小規(guī)模納稅人處采購商品未取得增值稅專用發(fā)票，或雖從一般納稅人處采購商品，但未取得增值稅專用發(fā)票，而是取得增值稅普通發(fā)票，不能抵扣進項稅額，從而使企業(yè)多交增值稅，進而提升增值稅實際稅負(fù)率。

7、企業(yè)購入固定資產(chǎn)抵扣進項也會降低企業(yè)增值稅實際稅負(fù)，如工業(yè)企業(yè)成立第一年由于大量購置并抵扣固定資產(chǎn)進項，會形成低稅負(fù)或零稅負(fù)，即是如此。