與中外合資經營企業(yè)不同的組成原則、中外合作經營企業(yè)的中外合作者的投資、收益分配、風險債務的分擔，以及企業(yè)終止時剩余財產的分配等，企業(yè)，均由合作雙方在合作合同中約定，一般不與各方的出資比例直接相聯(lián)系，不采取股權的方式計算合作企業(yè)各方合作者的投資、收益分配及風險債務的分擔。合作者享受的權利和承擔的義務均與出資無關。

與中外合資經營企業(yè)不同的出資方式。中外合作經營企業(yè)的合作各方，以實物出資或者提供場地使用權、工業(yè)產權等合作條件的，一般不折價，不計算合作各方的出資比例。從法律的角度看，法律對中外合作經營企業(yè)的合作外方沒有出資比例的法定要求。

與中外合資經營企業(yè)不同的分配方式。中外合資經營企業(yè)合資各方的收益分配，都是在企業(yè)稅后利潤中根據(jù)各方的出資比例進行分配。而中外合作企業(yè)的收益分配是多樣的，企業(yè)與企業(yè)之間很可能在選擇分配方式上有較大的差異。有的企業(yè)的收益分配是在稅后進行的，有的企業(yè)則在稅前直接分配產品或者營業(yè)收入。不管哪種分配方式，都是由合作雙方通過協(xié)商確定。最后落實到合同文本上。

與中外合資經營企業(yè)不同的投資回收方式。中外合資經營企業(yè)在合營期間不得擅自減少注冊資本，合資各方可以從企業(yè)清償債務后剩余的財產中收回投資本金。中外合作經營企業(yè)則不同，根據(jù)法律規(guī)定，如果中外合作者在合作合同中約定，合作期滿時合作企業(yè)的全部固定資產歸中國合作者所有的，可以在合作企業(yè)合同中約定外國合作者在合作期限內先行收回投資，但仍應依照有關法律的規(guī)定及合同對合作企業(yè)的債務承擔責任。先行收回投資可以通過分得較多的利潤、產品或者抽取固定資產折舊費的形式完成。

與中外合資經營企業(yè)有著不同的內部組織機構。中外合資經營企業(yè)只要采取有限責任組織形式的，都要依照法律的規(guī)定成立董事會，董事會的人員構成；議事規(guī)則均要符合法律規(guī)定。中外合作經營企業(yè)按法律規(guī)定可以不設董事會而設聯(lián)合管理機構，由聯(lián)合管理機構的組成人員決定企業(yè)的重大事宜。聯(lián)合管理機構可以決定任命或聘請總經理負責合作企業(yè)的日常經營管理工作?？偨浝韺β?lián)合管理機構負責。另外，中外合作經營企業(yè)依法律的規(guī)定，經聯(lián)合管理機構一致同意；可以聘請中外合作者以外的他人經營管理，表現(xiàn)特別突出的有飯店餐飲業(yè)、房地產業(yè)和公共交通服務業(yè)等。