該系統(tǒng)共分為出入境口岸衛(wèi)生監(jiān)督電子監(jiān)管系統(tǒng)、出入境人員電子監(jiān)管系統(tǒng)、醫(yī)學媒介電子監(jiān)管系統(tǒng)、特殊物品電子監(jiān)管系統(tǒng)等四大板塊。
    系統(tǒng)功能涵蓋衛(wèi)生檢疫的所有業(yè)務(wù)，為疫情快速發(fā)現(xiàn)、快速報告、快速反饋、快速控制提供了一個嶄新的操作平臺。基本實現(xiàn)了檢疫查驗、疾病監(jiān)測活動與國家疾病 預(yù)防與控制系統(tǒng)整體聯(lián)動。加強了口岸疾病監(jiān)測網(wǎng)絡(luò)體系建設(shè);將口岸傳染病的查驗、檢測融入國家整體疾病預(yù)防控制體系之中，使口岸衛(wèi)生檢疫對疾病的預(yù)防和控 制作用得到最大程度的發(fā)揮。 
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