昆明海關(guān)的前身為蒙自海關(guān)，于1889年成立。1910年滇越鐵路通車至云南府（昆明），蒙自海關(guān)在云南府設(shè)立分關(guān)。1932年1月1日，蒙自關(guān)稅務(wù)司移駐云南府分關(guān)辦公，蒙自關(guān)仍保留總關(guān)名義。1942年2月4日，蒙自、騰越兩關(guān)合并，成立昆明海關(guān)。
　　云南解放后，1951年，昆明海關(guān)、騰沖海關(guān)合并，仍稱昆明海關(guān)。1980年，昆明海關(guān)升格為局級(jí)關(guān)，直屬海關(guān)總署，實(shí)行垂直領(lǐng)導(dǎo)體制，改名為中華人民共和國(guó)昆明海關(guān)。目前總關(guān)內(nèi)設(shè)15個(gè)局、處（室）和機(jī)關(guān)服務(wù)中心及2個(gè)派駐機(jī)構(gòu)，并代管總署昆明教育培訓(xùn)基地和瑞麗緝毒犬基地。下屬海關(guān)機(jī)構(gòu)與云南的對(duì)外開放相適應(yīng)，共有21個(gè)隸屬海關(guān)和9個(gè)海關(guān)緝私分局，分別設(shè)在中緬、中老、中越4061公里的國(guó)境線上和部分內(nèi)陸開放地區(qū)。全關(guān)區(qū)共有干部職工1300余人，其中海關(guān)緝私干警250余名。
　　長(zhǎng)期以來，昆明海關(guān)在云南省委、省政府的大力支持關(guān)心下，在海關(guān)總署的正確領(lǐng)導(dǎo)下，認(rèn)真踐行“三個(gè)代表”重要思想，深入貫徹“依法行政、為國(guó)把關(guān)、服務(wù)經(jīng)濟(jì)、促進(jìn)發(fā)展”海關(guān)工作16字方針，按照“政治堅(jiān)強(qiáng)、業(yè)務(wù)過硬、值得信賴”海關(guān)隊(duì)伍建設(shè)12字要求，繼承和發(fā)揚(yáng)昆明海關(guān)多年來形成的優(yōu)良傳統(tǒng)和成功經(jīng)驗(yàn)，以實(shí)行海關(guān)關(guān)銜制度為契機(jī)，強(qiáng)化依法征管、科學(xué)征管的稅收工作意識(shí)，積極參與和推動(dòng)云南省“大通關(guān)”建設(shè)，始終保持打擊走私違法活動(dòng)的高壓態(tài)勢(shì)，不斷加強(qiáng)海關(guān)隊(duì)伍的正規(guī)化、現(xiàn)代化和準(zhǔn)軍事化建設(shè)，努力把好祖國(guó) “西南門戶”，積極為云南省經(jīng)濟(jì)建設(shè)和改革開放貢獻(xiàn)力量。