由于關稅與貿易總協定不是一個正式的國際組織，這使它在體制上和規(guī)則上有著多方面的局限性。

1．總協定的有些規(guī)則缺乏法律約束，也無必要的檢查和監(jiān)督手段。例如，規(guī)定一國以低于u201c正常價值u201d的辦法，將產品輸入另一國市場并給其工業(yè)造成u201c實質性損害和實質性威脅u201d就是傾銷。而u201c正常價值u201d、u201c實質性損害和實質性威脅u201d難以界定和量化，這很容易被一些國家加以歪曲和用來征收反傾銷稅。

2．總協定中存在著u201c灰色區(qū)域u201d，致使許多規(guī)則難以很好地落實。所謂u201c灰色區(qū)域u201d是指締約國為繞開總協定的某些規(guī)定，所采取的在總協定法律規(guī)則和規(guī)定的邊緣或之外的歧視性貿易政策措施。這種u201c灰色區(qū)域u201d的存在，損害了關貿總協定的權威性。

3．總協定的條款中對不同的社會經濟制度帶有歧視色彩。例如，對u201c中央計劃經濟國家u201d進入關貿總協定設置了較多的障礙。

4．總協定解決爭端的機制不夠健全。雖然關貿總協定為解決國際商業(yè)爭端建立了一套制度，但由于總協定解決爭端的手段主要是調解，缺乏強制性，容易使爭端久拖不決。

5．允許紡織品配額和農產品補貼長期存在，損害了總協定的自由貿易原則。

正是由于關稅與貿易總協定的上述種種局限性，使這個臨時性準國際貿易組織最終被世界貿易組織（WTO）所取代。