威廉二世曾在當(dāng)年6月表示：必須大舉進(jìn)攻北京，將它夷為平地（Peiking muss regelrecht angegriffen und dem Erdboden gleichgemacht werden）。此后不久，德國(guó)駐華公使克林德被殺，威廉二世旋即下令進(jìn)行軍事報(bào)復(fù)，中德關(guān)系跌落至最低點(diǎn)。事實(shí)上，義和團(tuán)運(yùn)動(dòng)最先起于山東省，而山東省正是德國(guó)的勢(shì)力范圍。在義和團(tuán)戰(zhàn)爭(zhēng)中，威廉二世要求德國(guó)軍隊(duì)像當(dāng)年的匈奴軍隊(duì)一樣無(wú)情消滅中國(guó)人，這段比喻令德國(guó)軍隊(duì)在兩次世界大戰(zhàn)中被稱(chēng)為u201c匈奴兵u201d。

中國(guó)向與之交戰(zhàn)的11國(guó)（參加聯(lián)軍的八國(guó)以及未出兵的西班牙、比利時(shí)、荷蘭）賠款白銀4.5億兩，其中德國(guó)獲得9007萬(wàn)兩，占賠款總額的五分之一。此外清朝還派醇親王載灃前往德國(guó)，就克林德公使被殺一事向德國(guó)謝罪，并在克林德被殺的東單路口樹(shù)立牌坊以示紀(jì)念。

中德關(guān)系在辛丑條約后得到了一定程度的恢復(fù)。執(zhí)掌清朝政權(quán)的慈禧太后試圖依賴(lài)德國(guó)的先進(jìn)工業(yè)和技術(shù)，實(shí)現(xiàn)1898年被她親手中斷的維新運(yùn)動(dòng)。在這段時(shí)期里，德國(guó)對(duì)中國(guó)法律的影響也很大。在清朝滅亡前夕，中國(guó)的改革者仿照日本的先例，參照德國(guó)民法典，制訂了清朝的第一部民法。