國(guó)內(nèi)船舶代理通常由縣級(jí)以上交通運(yùn)輸主管部門(mén)或其委托的航運(yùn)管理機(jī)構(gòu)（統(tǒng)稱(chēng)水路運(yùn)輸管理部門(mén)）管理，《國(guó)內(nèi)水路運(yùn)輸管理?xiàng)l例》第四條^[2]）。國(guó)際船舶代理由國(guó)務(wù)院交通主管部門(mén)和有關(guān)的地方人民政府交通主管部門(mén)管理（《中華人民共和國(guó)國(guó)際海運(yùn)條例》）。行業(yè)監(jiān)管從行政許可到備案根據(jù)《國(guó)內(nèi)水路運(yùn)輸管理?xiàng)l例》相關(guān)規(guī)定，新成立的國(guó)內(nèi)水運(yùn)船舶代理應(yīng)當(dāng)自企業(yè)設(shè)立登記之日起15個(gè)工作日內(nèi)，向所在地設(shè)區(qū)的市級(jí)人民政府負(fù)責(zé)水路運(yùn)輸管理的部門(mén)備案。而從事國(guó)際船舶代理業(yè)務(wù)的企業(yè)，應(yīng)當(dāng)在開(kāi)業(yè)后30日內(nèi)持營(yíng)業(yè)場(chǎng)所證明文件和有關(guān)人員資歷證明文件向交通運(yùn)輸部備案（具體由中國(guó)船舶代理及無(wú)船承運(yùn)人協(xié)會(huì)實(shí)施）。未履行備案程序?qū)?huì)被處罰根據(jù)《國(guó)內(nèi)水路運(yùn)輸輔助業(yè)管理規(guī)定》第三十六條規(guī)定，水路運(yùn)輸輔助業(yè)務(wù)經(jīng)營(yíng)者違反本規(guī)定，由其所在地縣級(jí)以上人民政府水路運(yùn)輸管理部門(mén)責(zé)令改正，處2000元以上1萬(wàn)元以下的罰款；一年內(nèi)累計(jì)三次以上違反本規(guī)定的，處1萬(wàn)元以上3萬(wàn)元以下的罰款。同時(shí)港口經(jīng)營(yíng)人不得指定船舶代理，港口經(jīng)營(yíng)人為船舶所有人、經(jīng)營(yíng)人以及貨物托運(yùn)人、收貨人指定水路運(yùn)輸輔助業(yè)務(wù)經(jīng)營(yíng)者，提供船舶、水路貨物運(yùn)輸代理等服務(wù)的，由其所在地縣級(jí)以上人民政府水路運(yùn)輸管理部門(mén)責(zé)令改正，拒不改正的處1萬(wàn)元以上3萬(wàn)元以下的罰款。