廣州保稅區(qū)管理機構(gòu)的設(shè)置包括三個主要層次：廣州保稅區(qū)領(lǐng)導(dǎo)小組、廣州保稅區(qū)管理委員會、海關(guān)等國家有關(guān)管理部門的派駐區(qū)內(nèi)機構(gòu)。

廣州保稅區(qū)領(lǐng)導(dǎo)小組：由市長擔任組長，副組長由主管外經(jīng)工作的副市長、市委領(lǐng)導(dǎo)及保稅區(qū)管委會領(lǐng)導(dǎo)擔任，成員由市政府外經(jīng)貿(mào)委、工商行政管理局、黃埔海關(guān)、廣州港務(wù)局主要領(lǐng)導(dǎo)組成。領(lǐng)導(dǎo)小組負責保稅區(qū)的領(lǐng)導(dǎo)工作，對保稅區(qū)的重大問題進行決策，協(xié)調(diào)保稅區(qū)與市各有關(guān)管理部門的工作關(guān)系。

廣州保稅區(qū)管委會：根據(jù)《廣州保稅區(qū)管理辦法(試行)》規(guī)定，其性質(zhì)是廣州市人民政府的派出機構(gòu)，負責統(tǒng)一管理保稅區(qū)的行政事務(wù)。其主要職責有：

1.制定和修改保稅區(qū)總體規(guī)劃，經(jīng)市政府批準后組織實施；

2.制定和發(fā)布保稅區(qū)的各項管理實施細則；

3.按照規(guī)定的權(quán)限，審批保稅區(qū)的投資項目，審批保稅區(qū)各類企業(yè)與機構(gòu)的設(shè)立、合并和撤銷；

4.管理保稅區(qū)內(nèi)的基本建設(shè)、財政稅收、工商行政、勞動人事、土地房產(chǎn)、交通運輸、環(huán)境保護、消防治安、公用事業(yè)等行政工作；

5.管理、監(jiān)督保稅區(qū)的對外貿(mào)易和轉(zhuǎn)口貿(mào)易等經(jīng)濟活動；

6.統(tǒng)一協(xié)調(diào)保稅區(qū)內(nèi)海關(guān)、工商、稅務(wù)、外匯管理等部門的工作；

7.管理保稅區(qū)內(nèi)公共事業(yè)和設(shè)施；

8.行使市政府授予的其他職權(quán)；

按照此職能規(guī)定和保稅區(qū)的實際發(fā)展需要，廣州保稅區(qū)管委會暫時設(shè)立四個職能部門：

經(jīng)濟發(fā)展局：主要行使計劃、統(tǒng)計、外經(jīng)、外貿(mào)、項目審批、進出口物資審批、物價、企業(yè)管理、投資服務(wù)、組織招商等經(jīng)濟管理方面的職能。

公共事業(yè)局：主要行使土地房產(chǎn)管理、市政管理、基本建設(shè)管理、環(huán)境保護等社會事業(yè)的管理職能。

財稅局：主要行使保稅區(qū)財政預(yù)決算、資金管理、財務(wù)管理、稅務(wù)管理等方面的職能。

辦公室：主要行使管委會的秘書、公關(guān)、宣傳、監(jiān)察、審計、僑務(wù)、臺灣事務(wù)、社會文化管理、勞動人事、工資、外事、保衛(wèi)、政策研究、法制、機關(guān)后勤服務(wù)、保稅區(qū)人員和車輛進出監(jiān)管等方面的職能。

為強化服務(wù)職能，管委會下設(shè)若干事業(yè)性中介服務(wù)機構(gòu)，包括審計師事務(wù)所、會計師事務(wù)所、律師事務(wù)所、財稅咨詢事務(wù)所、人才交流服務(wù)中心、信息中心、發(fā)展研究中心等。

派駐機構(gòu)：鑒于保稅區(qū)屬海關(guān)監(jiān)管區(qū)的特點，保稅區(qū)內(nèi)派出機構(gòu)的設(shè)置以海關(guān)為主，擬設(shè)立廣州保稅區(qū)海關(guān)。其它派駐機構(gòu)依保稅區(qū)的發(fā)展實際需要設(shè)立。在發(fā)展初級階段，一些必要的部門如工商管理、派出所等部門可采取兩塊招牌， 一套人馬的方式與廣州開發(fā)區(qū)現(xiàn)有機構(gòu)合署辦公。