根據(jù)上述職責，南安市對外貿(mào)易經(jīng)濟合作局設4個內(nèi)設機構：

（一）人秘科

綜合協(xié)調(diào)局機關及直屬單位工作，督促重大事項的落實；負責機關及直屬單位機構編制、人事勞動、老干部管理工作，負責重要會議的組織及會議決定事項和市委、市政府督辦件和人大、政協(xié)建議、提案的督辦與反饋；負責局機關文電、政務信息、機要、保密、信訪、檔案、接待、車輛管理、安全生產(chǎn)和效能建設等工作；承擔政務信息、政府信息公開、辦公自動化等工作；負責局機關財務工作、國有資產(chǎn)管理、政府采購和其他行政后勤工作。

（二）行政審核審批科（外資促進管理科）

指導和管理全市招商引資和投資促進工作；參與擬訂全市吸收外商投資的中長期發(fā)展規(guī)劃和年度計劃，貫徹執(zhí)行《外商投資產(chǎn)業(yè)指導目錄》；負責外資管理相關工作，協(xié)調(diào)解決有關問題；配合有關部門組織全市外商投資企業(yè)的聯(lián)合年檢工作，負責編制并組織實施全市招商引資方案，組織承辦全市性重大招商活動；對重大招商項目進行跟蹤和促進；負責外資統(tǒng)計工作；協(xié)調(diào)指導全市外商投資的咨詢服務工作；負責指導管理全市對臺港澳投資促進工作，協(xié)調(diào)處理有關重大問題；承擔國際服務貿(mào)易促進工作；推動服務外包發(fā)展和平臺建設；與境外國際投資機構、商協(xié)會建立投資促進合作關系；承擔市外資領導小組日常工作。

（三）對外貿(mào)易科

指導和管理全市對外貿(mào)易工作，參與擬訂全市外貿(mào)中長期發(fā)展規(guī)劃和年度計劃；承擔協(xié)調(diào)我市有關進出口公平貿(mào)易的具體工作，建立進出口公平貿(mào)易預警機制；依法負責國際貿(mào)易摩擦應對，指導、協(xié)調(diào)外國對我市出口商品的反傾銷、反補貼、保障措施和特殊保障措施的應訴及相關工作；負責我市舉辦或參與的境內(nèi)外國際性展覽會等貿(mào)易促進有關工作，組織實施我市出口品牌體系建設，協(xié)調(diào)指導企業(yè)開拓國際市場；負責管理全市加工貿(mào)易，研究擬訂全市對外加工裝配發(fā)展規(guī)劃和年度計劃；負責市直單位對外加工裝配合同的審批；指導協(xié)調(diào)管理全市對外加工裝配業(yè)務；負責管理全市服務貿(mào)易，擬訂全市服務貿(mào)易發(fā)展規(guī)劃與年度計劃，推動服務外包發(fā)展和平臺建設。

（四）國外經(jīng)濟合作科

協(xié)調(diào)全市國外經(jīng)濟合作工作；參與我市對外投資業(yè)務及對外投資統(tǒng)計分析工作；負責管理全市對外勞務合作、對外承包工程工作；協(xié)調(diào)管理境外投資企業(yè)；協(xié)調(diào)對臺港澳經(jīng)貿(mào)工作；協(xié)調(diào)管理全市接受國際多雙邊援助工作和對外經(jīng)濟援助項目的實施工作。依法承擔對外勞務合作、境外就業(yè)、對外承包工程和對外援助的權益保護和監(jiān)督管理工作，參與我市對外投資各項統(tǒng)計與分析，服務和管理我市對外勞務派出機構，參與協(xié)調(diào)處理有關境外勞務、就業(yè)的突發(fā)事件。