根據(jù)工作任務(wù)，市口岸辦設(shè)置2個職能科室：

協(xié)助本辦領(lǐng)導(dǎo)協(xié)調(diào)機(jī)關(guān)工作；提出中、長期口岸建設(shè)的建議，提出口岸建設(shè)投資的分配、使用意見；制訂機(jī)關(guān)工作制度；負(fù)責(zé)會議組織、文電處理、信訪、保衛(wèi)、檔案、保密、機(jī)關(guān)行政事務(wù)管理等工作；負(fù)責(zé)口岸的內(nèi)外宣傳、教育培訓(xùn)工作；負(fù)責(zé)口岸綜合性文件、材料的起草工作；負(fù)責(zé)機(jī)關(guān)組織、人事、勞資、紀(jì)檢、監(jiān)察工作；負(fù)責(zé)機(jī)關(guān)財務(wù)與后勤管理工作。

檢查監(jiān)督國家有關(guān)口岸工作的方針、政策和法規(guī)在本地區(qū)口岸的執(zhí)行情況；研究制訂本地區(qū)口岸管理的具體辦法和實(shí)施細(xì)則，并負(fù)責(zé)監(jiān)督檢查；負(fù)責(zé)監(jiān)督檢查口岸、查驗(yàn)監(jiān)管單位及直接為口岸服務(wù)的部門按各自的職責(zé)和規(guī)定進(jìn)行查驗(yàn)、監(jiān)管工作；協(xié)調(diào)查驗(yàn)單位之間工作關(guān)系，幫助處理有關(guān)問題；負(fù)責(zé)新開口岸的可行性研究、審理和報批工作；參與口岸管理、查驗(yàn)制度改革及有關(guān)政策擬訂；負(fù)責(zé)本地區(qū)口岸服務(wù)業(yè)務(wù)指導(dǎo)；參與對外開放、經(jīng)濟(jì)協(xié)調(diào)的指導(dǎo)工作；負(fù)責(zé)出口加工區(qū)、保稅物流中心等口岸生產(chǎn)經(jīng)濟(jì)單位的監(jiān)督指導(dǎo)工作；負(fù)責(zé)協(xié)調(diào)和指導(dǎo)打擊走私等相關(guān)工作；負(fù)責(zé)本系統(tǒng)對外經(jīng)濟(jì)統(tǒng)計分析工作。